1844 : l'architecte Alphonse Delacroix rénove la toiture et fait disparaitre la trace des nervures et installe des tuiles vernissées.
De 1859 à 1864, à l'intérieur de la chapelle, les faux-marbres blancs d'origine sont remplacés par des faux-marbres colorés (Baldauf, peintre bisontin de décors), des stucs (Simard), des peintures (Auguste Gardet, peintre doreur et A. Vermeillet).
16 juin 1970 : la chapelle est classée Monument Historique.
A partir de 1985 une importante restauration a permis de réparer les extérieurs, suivie en 1992-93 d'une rénovation intérieure complète des faux-marbres, des dorures à la feuille d'or, des tableaux et des peintures.
Toutes ces données sont extraites de la brochure en vente sur place
3 avril 1793 : les sœurs sont expulsées par les autorités révolutionnaires. Les bâtiments deviennent prison pour femmes suspectes, puis hôpital militaire pour les soldats de l'armée du Rhin. La chapelle sert alors d'entrepôt de grains et de fourrage.
1796 : elle est affectée au culte protestant pour des horlogers genevois accompagnant Laurent Mégevand (1754-1814) l'un des créateurs de l'industrie horlogère bisontine.
1802 : l'ensemble (résidences et chapelle) est annexé à l'hôpital après de longues négociations avec la municipalité. La chapelle est rendue au culte catholique.
1814 : on enlève les nervures en plomb de la toiture de la coupole. Le général Marulaz les destine à confectionner des balles pour la défense de la ville contre les Austros-Prussiens.
On estime qu'une centaine de jeunes femmes entrait dans l'établissement certaines années, plus d'un millier pendant les cent trois années de fonctionnement. Certaines pour vol, désobéissance, libertinage ou placées là par leur famille, par la police ou encore par lettre de cachet.